個人事業主が減価償却の終わった事業用車を売却する際は、税金や仕訳、確定申告をどのように処理すればよいか迷いやすいものです。

減価償却後の車は、帳簿上の価額と実際の市場価値は別の基準で決まるため、税務上のルールを理解しておく必要があります。

本記事では、減価償却が終わった車を売却する個人事業主に向けて、譲渡所得の計算方法や最高50万円の特別控除、仕訳、確定申告、消費税の扱いを解説します。売却するタイミングの判断基準も紹介するため、事業用車を手放す前の確認にお役立てください。

 

減価償却後の車売却の基礎知識

減価償却が終わった車でも、帳簿上の価額と中古車としての価値は別に考える必要があります。また、売却によって利益が生じた場合は、税務上の所得区分も確認しなければなりません。

ここでは、減価償却後の車を売却する際に押さえておきたい価額の考え方や税務上の扱いを整理します。

 

帳簿価額は原則1円

減価償却が終わった車の帳簿価額は、取得時期などの条件を満たす場合、1円まで償却されます。帳簿価額とは、車の取得価額から、これまで必要経費にした減価償却費を差し引いた残額です。

減価償却後の扱いを整理すると、次のとおりです。

 

項目	内容
減価償却	車の取得費を使用期間に分けて必要経費にする手続き
帳簿価額	取得価額から減価償却費を差し引いた残額
償却後の価額	平成19年4月1日以後に取得した減価償却資産は原則1円まで償却

 

平成19年4月1日以後に取得した減価償却資産では、残存価額が廃止され、1円を残して償却する仕組みとなっています。そのため、減価償却が終わっても帳簿価額が0円になるわけではありません。

車を売却する際は、固定資産台帳などで現在の帳簿価額を確認しておくことが大切です。

 

※出典：国税庁「Ⅰ 個人の減価償却制度の改正の概要」

 

中古車としての市場価値

減価償却が終わって帳簿価額が低くなった車でも、中古車としての価値がなくなるわけではありません。帳簿価額は税務上の金額であり、実際にいくらで売れるかを示す金額とは役割が異なります。

両者の違いを整理すると、次のようになります。

 

項目	判断の基準
帳簿価額	取得価額や減価償却の状況
中古車としての価値	車両の状態や中古車市場の相場

 

帳簿価額が1円の車でも、車種や年式、走行距離、車両の状態などによっては売却価格が付くことがあります。減価償却が終わったことだけで価値を判断せず、現在の価値を確認することが重要です。

 

※出典：自動車公正取引協議会「中古車を買取る際の、適正な対応と考え方」（Page 2）

 

事業用車の売却益は原則として譲渡所得

個人事業主が固定資産として使用していた車を売却して利益が生じた場合は、原則として譲渡所得として扱います。譲渡所得とは、土地や車などの資産を譲渡したことで生じる所得のことです。

事業用車を売却した際の考え方を整理すると、次のとおりです。

 

項目	内容
売却による収入	車を売却して受け取った金額
取得費	購入代金などから減価償却費相当額を差し引いた金額
所得区分	原則として譲渡所得

 

事業で使用していた固定資産の車は、通常の商品を販売したときの売上とは区別して扱います。譲渡所得を計算する際は、売却価額だけを見るのではなく、減価償却後の取得費や売却に直接かかった費用も確認することが必要です。

売却前に帳簿や購入時の資料をそろえておくと、その後の税務処理を進めやすくなります。

 

※出典：国税庁「所得税法（基礎編）令和8年度版」（Page 23）

 

車売却時の譲渡所得の計算方法

車を売却したときの譲渡所得は、売却価額から取得費などを差し引き、特別控除や所有期間を反映して計算します。特に減価償却後の事業用車では、取得費が小さくなっている点に注意が必要です。

ここでは、譲渡所得を求める流れと、控除や所有期間によって計算が変わる仕組みを整理します。

 

売却益の計算方法

車を売却したときの譲渡益は、売却価額から取得費と譲渡費用を差し引いて求めます。減価償却した車では、購入時の金額をそのまま取得費として使わない点がポイントです。

基本的な計算の流れは、次のとおりです。

 

1.車の売却価額を確認する

2.購入代金などから減価償却費相当額を差し引き、取得費を求める

3.売却のために直接かかった譲渡費用を確認する

4.売却価額から取得費と譲渡費用を差し引く

 

例えば、売却価額が100万円、取得費が1円、譲渡費用が2万円の場合、特別控除前の譲渡益は97万9,999円です。減価償却が終わった車は取得費が小さいため、売却価額との差が大きくなりやすいです。

固定資産台帳や売却時の書類を確認し、計算に必要な金額を正確にそろえましょう。

 

※出典：国税庁「所得税法（基礎編）令和8年度版」（Page 35）

 

最高50万円の特別控除

総合課税の譲渡所得には、譲渡益から最高50万円を差し引ける特別控除があります。50万円は車1台ごとに適用される金額ではなく、その年の短期・長期の譲渡益の合計に対して適用される控除額です。

特別控除は、次の順序で計算します。

 

1.短期譲渡所得の譲渡益を確認する

2.短期譲渡所得の譲渡益から特別控除を差し引く

3.控除額が残れば長期譲渡所得の譲渡益から差し引く

4.短期と長期を合わせて最高50万円まで控除する

 

例えば、その年の譲渡益が30万円のみであれば、控除額も30万円となり、控除後の譲渡所得は0円です。譲渡益が80万円の場合は、最高50万円を差し引いた30万円が残ります。

ほかにも資産を売却している場合は、それらの譲渡益も含めて控除額を確認することが大切です。

 

※出典：国税庁「所得税法（基礎編）令和8年度版」（Page 35）

 

所有期間5年超は譲渡所得の2分の1を算入

車の所有期間が5年を超えるかどうかによって、総所得金額に加える譲渡所得の金額が変わります。5年を超える場合は長期譲渡所得、5年以下の場合は短期譲渡所得として扱われます。

計算の違いは、次のとおりです。

 

1.車の取得日と売却日から所有期間を確認する

2.5年以下なら短期譲渡所得として区分する

3.5年を超えるなら長期譲渡所得として区分する

4.長期譲渡所得は特別控除後の金額の2分の1を総所得金額に加える

 

例えば、長期譲渡所得の譲渡益が80万円で、最高50万円の特別控除を差し引くと30万円が残ります。この場合、総所得金額に加えるのは2分の1にあたる15万円です。

2分の1になるのは税額そのものではなく、総所得金額に算入する金額である点を押さえておきましょう。

 

※出典：国税庁「所得税法（基礎編）令和8年度版」（Page 23、43）

 

事業用・私用兼用車の税務処理

事業用と私用の両方で使っている車を売却する場合は、使用状況に応じた税務処理が必要です。特に消費税は、事業で使っていた割合や課税事業者かどうかによって扱いが変わります。

ここでは、兼用車を売却する際に確認したい消費税の対象範囲や経理上の扱いを整理します。

 

事業で使った割合に応じた計算

事業用と私用を兼ねている車を売却する場合は、これまでどの程度事業で使用していたかを整理しておくことが大切です。事業だけで使用している車とは異なり、兼用車では事業用と私用を区分して考える必要があります。

確認しておきたいポイントは、次のとおりです。

 

・車を事業と私用の両方で使用していたか確認する

・これまで事業で使用していた割合を確認する

・使用実態を説明できる基準で事業用と私用を区分する

 

例えば、仕事だけでなく買い物や旅行にも使用していた場合は、車のすべてを事業用として扱うのではなく、実際の使用状況に応じて区分します。これまで経費を計算する際に使用していた基準なども確認し、売却時にも一貫した考え方で整理しておくと、その後の税務処理を進めやすくなります。

 

※出典：

国税庁「消費税法基本通達 新旧対照表」（Page 15）

国税庁「事業用及び家事用の両方に使用している資産を売却した場合の課税関係」

 

事業用部分の消費税

課税事業者が事業で使用していた車を売却すると、事業用部分は消費税の課税対象となります。自動車販売を本業としていない場合でも、事業に使用していた車の売却は、事業に付随する資産の譲渡として扱われます。

売却時の主な扱いは、次のとおりです。

 

・課税事業者の事業用部分は消費税の課税対象になる

・事業・私用兼用車は事業用部分を区分して計算する

・免税事業者は消費税の納税義務が免除される

 

そのため、事業・私用兼用車を売るときは、車をどの程度事業で使用していたかに加え、自身が課税事業者か免税事業者かも確認することが大切です。課税事業者の場合は、売却代金のうち消費税の対象となる範囲を整理したうえで、申告や経理処理につなげましょう。

 

※出典：

国税庁「消費税法（基礎編）令和8年度版」（Page 13、27）

国税庁「事業用及び家事用の両方に使用している資産を売却した場合の課税関係」

 

消費税の経理方式による処理

課税事業者が事業用車を売却する場合は、その車を使用していた事業で採用している消費税の経理方式に合わせて処理します。主な方式は「税抜経理方式」と「税込経理方式」の2種類です。

それぞれの違いは、次のとおりです。

 

・税抜経理方式：取引金額と消費税等を分けて処理する

・税込経理方式：消費税等を含めた金額で処理する

・免税事業者：税込経理方式で処理する

 

個人事業主は、原則として選択した方式を事業の取引に継続して適用します。事業用車の売却だけ別の経理方式に変更するのではなく、その車を使用していた事業の処理方法に合わせることがポイントです。

売却前に帳簿を確認し、普段どちらの方式で経理しているかを把握しておきましょう。

 

※出典：国税庁「消費税法（基礎編）令和8年度版」（Page 103）

 

減価償却後の車売却の仕訳方法

減価償却が終わった車を売却する際は、帳簿で採用している方法に合わせて仕訳する必要があります。また、車両本体とは別に計上しているリサイクル預託金も、売却時に帳簿から取り除きます。

ここでは、減価償却費の記帳方法による違いと、売却時に必要な帳簿処理を整理します。

 

直接法による仕訳

直接法では、毎年の減価償却費を車両運搬具の帳簿価額から直接差し引きます。そのため、車を売却するときは、売却時点で残っている車両運搬具の金額を帳簿から取り除きます。

帳簿価額1円の車を30万円で売却した場合の単純な仕訳例は、次のとおりです。

 

借方	貸方
普通預金 300,000円	車両運搬具 1円
	事業主借 299,999円

※消費税、売却手数料、事業・私用の兼用などを考慮しない例です。

 

直接法では、減価償却によって車両運搬具そのものの金額が減っているため、売却時に取り除くのは帳簿に残っている金額です。減価償却が終わり帳簿価額が1円であれば、その1円を車両運搬具から取り除きます。

仕訳前に固定資産台帳を確認し、売却時点の帳簿価額を把握しておきましょう。

 

※出典：

国税庁「令和7年分 青色申告者のための貸借対照表作成の手引き」（Page 13）

日本商工会議所「商工会議所簿記検定試験出題区分表」（Page 2）

 

間接法による仕訳

間接法では、車両運搬具を取得時の金額で残し、これまでの減価償却費を「減価償却累計額」として別に管理します。売却する際は、この2つを同時に帳簿から取り除く必要があります。

取得価額300万円、減価償却累計額299万9,999円の車を30万円で売却した場合は、次のように整理できます。

 

借方	貸方
普通預金 300,000円	車両運搬具 3,000,000円
減価償却累計額 2,999,999円	事業主借 299,999円

※消費税、売却手数料、事業・私用の兼用などを考慮しない例です。

 

この例では、取得価額300万円から減価償却累計額を差し引くと、実質的な帳簿価額は1円です。直接法との主な違いは、取得価額とこれまでの減価償却額を別々に帳簿から取り除く点にあります。

間接法を採用している場合は、車両運搬具だけでなく減価償却累計額の残高も確認して仕訳することが大切です。

 

※出典：

国税庁「令和7年分 青色申告者のための貸借対照表作成の手引き」（Page 13）

日本商工会議所「商工会議所簿記検定試験出題区分表」（Page 2）

 

リサイクル預託金の仕訳

車を売却する際は、車両本体とは別に資産として計上していたリサイクル預託金も帳簿から取り除きます。中古車として売却すると、リサイクル預託金相当額は車とともに新しい所有者へ引き継がれるためです。

預託金1万5,000円を同額で引き継いだ場合の仕訳例は、次のとおりです。

 

借方	貸方
普通預金 15,000円	預託金 15,000円

 

リサイクル預託金相当額は、消費税では車両本体の売却代金とは扱いが異なります。中古車として譲渡する場合は、預託金に関する権利の譲渡となり、金銭債権の譲渡として非課税です。

そのため、買取金額の内訳を確認し、車両本体とリサイクル預託金相当額を分けて処理すると帳簿を整理しやすくなります。

 

※出典：

国税庁「中古車販売における未経過自動車税等の取扱い」

自動車リサイクル促進センター「自動車リサイクル券裏面 新旧対照表」

 

車売却後の確定申告

事業用車の売却で譲渡所得が生じた場合は、必要な情報をそろえ、確定申告に正しく反映することが大切です。売却価額だけでなく、取得費や所有期間なども確認する必要があります。

ここでは、申告前にそろえる内容から、所得金額を申告書に反映するまでの流れを整理します。

 

申告に必要な情報の整理

車の売却による譲渡所得を申告する際は、計算や書類作成に必要な情報を事前にそろえておくことが大切です。購入時と売却時の資料に加え、これまでの減価償却の状況も確認しておきましょう。

申告前には、次の内容を整理します。

 

1.車の取得日と購入代金を確認する

2.これまでの減価償却費相当額を確認する

3.売却日と売却価額を確認する

4.売却先と売却に直接かかった費用を確認する

 

購入時の契約書や固定資産台帳、売却時の契約書などを用意すると、必要な金額や日付を確認しやすくなります。特に取得日と売却日は、所有期間を判断するためにも必要です。

申告に必要な情報を最初にそろえておけば、内訳書や確定申告書の作成をスムーズに進められます。

 

※出典：国税庁「譲渡所得の内訳書（確定申告書付表）【総合譲渡用】」

 

譲渡所得の内訳書の作成

事業用車の譲渡所得は、「譲渡所得の内訳書（確定申告書付表）【総合譲渡用】」を使って計算します。紙で申告する場合は、この内訳書で売却内容や所得金額を整理したうえで確定申告書と一緒に提出します。

主な作成の流れは、次のとおりです。

 

1.売却した車の種類や名称を記入する

2.売却日や売却先、売却価額を記入する

3.取得時期や取得費、譲渡費用を記入する

4.特別控除を反映して譲渡所得を計算する

 

短期と長期の譲渡所得がある場合は、それぞれを区分して計算します。確定申告書等作成コーナーを利用する場合は、画面の案内に沿って必要事項を入力すると、必要な付表や明細書も作成されます。

申告方法に合わせて、売却内容を正確に入力・記載しましょう。

 

※出典：

国税庁「譲渡所得の内訳書（確定申告書付表）【総合譲渡用】」

国税庁「令和7年分 所得税及び復興特別所得税の確定申告の手引き」（Page 13）

 

確定申告書への反映

内訳書で求めた譲渡所得は、短期と長期を区分して確定申告書に反映します。短期譲渡所得は全額、長期譲渡所得は2分の1に相当する金額が、総所得金額の計算に加わります。

紙の申告書に記載する主な流れは、次のとおりです。

 

1.短期譲渡所得の金額を第一表の該当欄へ記入する

2.長期譲渡所得の金額を第一表の該当欄へ記入する

3.総合譲渡所得を反映した所得金額を計算する

4.第二表の「総合課税の譲渡所得、一時所得に関する事項」を記入する

 

確定申告書等作成コーナーでは、入力した譲渡所得をもとに申告書に反映できます。最後に、内訳書で計算した金額と申告書の内容にずれがないか確認することが大切です。

 

※出典：国税庁「令和7年分 所得税及び復興特別所得税の確定申告の手引き」（Page 14）

 

減価償却後の車を売るタイミング

減価償却が終わった車の売却時期は、税金だけでなく、今後かかる費用や現在の車の価値も踏まえて判断することが大切です。売る時期によって、税務上の扱いや査定額が変わる可能性があります。

ここでは、税務上の所有期間、今後の維持費、査定額に影響する要素から、売却時期の考え方を整理します。

 

所有期間5年を基準に判断

車の取得から5年前後で売却を検討している場合は、実際の所有期間を確認してから売却時期を決めることが大切です。総合課税の譲渡所得は、所有期間が5年以下か5年を超えるかによって税務上の扱いが変わります。

そのため、5年の境目に近い車では、減価償却が終わった時期だけを見て売却を決めるのではなく、取得日と売却予定日を照らし合わせておくと判断しやすくなります。

売却益が見込まれる場合は、所有期間による違いを踏まえたうえで、現在の査定額や今後の維持費なども含めて売却時期を検討するとよいでしょう。

 

※出典：国税庁「所得税法（基礎編）令和8年度版」（Page 23）

 

維持費が増える前に売却

点検や整備にかかる費用が増えてきた場合は、売却を検討するタイミングの一つです。車を使用し続けるには、エンジンオイルやタイヤ、ブレーキなど、さまざまな部分の点検や整備が欠かせません。

使用年数や走行距離が増えるなかで部品交換や修理が必要になれば、その分だけ維持にかかる負担も大きくなります。今後必要になりそうな整備内容や費用を確認し、負担が増えると予想される場合は、売却して乗り換えることも選択肢として検討するとよいでしょう。

 

※出典：国土交通省 近畿運輸局「整備管理者選任前研修 資料」（Page 17）

 

市場価値が下がる前に査定

売却を考え始めたら、まず査定を受けて現在の車の価値を確認しておくことが大切です。中古車の査定では、帳簿価額ではなく、車の走行距離や状態などをもとに評価します。

そのため、減価償却が終わった車でも、中古車として一定の価値が残っている可能性があります。今後も使用を続ければ走行距離や車両の状態は変化するため、売却を検討した段階で査定額を把握しておくと判断しやすくなります。

現在の価値を確認し、乗り続ける場合と比較したうえで売却時期を決めましょう。

 

※出典：自動車公正取引協議会「中古車を買取る際の、適正な対応と考え方」（Page 2）

 

まとめ

減価償却が終わった車を売却する際は、帳簿価額と市場価値を分けて考え、売却益に対する税務処理を正しく行うことが大切です。事業用車の売却益は原則として譲渡所得となり、最高50万円の特別控除や所有期間による扱いの違いがあります。

また、事業用と私用を兼ねる車では、事業で使った割合や消費税の処理にも注意が必要です。仕訳や確定申告の方法を確認したうえで、維持費や市場価値も踏まえて売却時期を検討しましょう。

弊社では、減価償却が終わった車も現車を確認したうえで査定しています。売却をご検討の際は、お近くの店舗へ電話でお問い合わせください。